Takumi Sumino è un adolescente assolutamente normale che vive nel complesso residenziale di Tokyo, un luogo dove ogni giorno è molto simile al precedente e non succede mai nulla di male. Tutto cambia quando mostri mostruosi attaccano la città e iniziano a scatenare il caos. Una strana creatura che si fa chiamare Sirei appare e offre a Takumi il potere di proteggere coloro che gli sono cari... Non deve fare altro che pugnalarsi al petto! In men che non si dica, Takumi si ritrova alla Last Defense Academy, una scuola in mezzo al nulla circondata da un muro di fiamme ultraterrene. Lui e altri 14 studenti sono stati arruolati nell'Unità di Difesa Speciale, una squadra incaricata di mantenere la scuola al sicuro per i prossimi 100 giorni. Quanto sono disposti a sacrificare per riprendere le loro vite normali e salvare il mondo dai grotteschi invasori della scuola? Si alza il sipario su 100 giorni di guerra e disperazione...