La narrazione di Deltarune si compone di sette capitoli, ognuno dei quali forma un proprio arco narrativo. Nella storia del gioco, i giocatori controllano Kris, un'adolescente umana. Vivono in una città abitata da mostri, che ha legami nascosti con misteriosi "Mondi Oscuri", dove si svolge la maggior parte della storia. Capitolo 1 - L'inizio All'inizio, il giocatore costruisce un "vascello" umanoide, ma viene scartato e gli viene detto che le sue scelte non contano. Invece, assume il ruolo di Kris, che si sveglia e viene lasciata a scuola dalla loro madre adottiva, il mostro Toriel. L'insegnante di Kris manda Kris e la delinquente Susie a prendere il gesso. Entrati nello sgabuzzino, entrambi vengono trascinati nel Mondo Oscuro. Incontrano il principe oscuro Ralsei, che rivela loro che i tre sono eroi destinati a chiudere la Fontana Oscura e ripristinare l'equilibrio nel mondo, corrotto dal suo Re. Desiderosa di tornare a casa, Susie si rifiuta di aiutarli. Prima che possa andarsene, i tre incontrano il figlio di King, Lancer, che cerca di fermarli con vari piani mal congegnati e convince Susie a unirsi a lui. Mentre Kris e Ralsei si dirigono al castello di King, convincono Susie e Lancer a combattere con loro, ma Lancer si rifiuta di affrontare suo padre, così cattura gli altri nelle segrete di King. Susie fugge e affronta Lancer, che voleva impedire a Susie e King di farsi del male a vicenda. Promette di non ferire King e libera Kris e Ralsei. Salgono al castello e, dopo una lunga battaglia, King cade esausto e Ralsei lo cura per pietà. Approfittando della situazione, King inabilita e minaccia di uccidere gli eroi. Se il giocatore ha vinto contro tutti i nemici senza usare violenza, Lancer aizza i sudditi di King contro di lui e lo imprigiona, prendendo il posto di suo padre come re del Mondo Oscuro. Altrimenti, Susie sottomette King usando l'incantesimo Pacificazione di Ralsei. Kris chiude la Fontana Oscura in modo che possano tornare nel loro mondo e dice addio a Susie. Dopo che Kris va a letto, zoppicano fino al centro della stanza e strappano la loro ANIMA a forma di cuore, gettandola in una gabbia. Girandosi verso lo schermo, estraggono un coltello e sorridono, con un occhio che lampeggia di rosso. Capitolo 2 - Un Mondo Cibernetico Il giorno dopo, Kris e Susie tornano a scuola e scoprono che la città ha perso il servizio Internet. Per confermare che il Mondo Oscuro è reale, tornano allo sgabuzzino e si riuniscono con Ralsei, ma lui le convince ad andarsene e a fare il loro progetto scolastico. Per farlo, Kris e Susie si dirigono in biblioteca per incontrare i loro compagni di classe Noelle e Berdly. Dopo essere andate al laboratorio informatico della biblioteca, entrano in un Mondo Oscuro a tema tecnologico, governato da un computer chiamato Queen. Rapisce Noelle, anch'essa entrata nel Mondo Oscuro insieme a Berdly, con l'intenzione di trasformarla nel prossimo "Cavaliere", un essere capace di creare Fontane Oscure. Berdly si unisce a Queen per l'attrazione che prova sia per lei che per Noelle; Kris, Susie e Ralsei si lanciano contro di lui.Dopo un po' di tempo, Kris si separa dai loro amici e scopre che Noelle si nasconde da Queen. Poco dopo che Kris si riunisce a Susie e Ralsei, Queen li imprigiona e intrappola Noelle in una torre. Lancer aiuta Kris e Susie a fuggire, ma, trovandosi nel Mondo Oscuro sbagliato, si trasforma in pietra. Trovano Berdly, che si sente in colpa e cambia schieramento, e i quattro escogitano un piano per salvare Noelle. Il piano fallisce e Queen affronta Kris, Susie e Ralsei. Alla fine vengono superati in astuzia, ma Noelle resiste a Queen, costringendola ad arrendersi. Ralsei avverte Queen del "Ruggito" – il risveglio di "Titani" cataclismatici che si verificherà se troppe Fontane verranno create – costringendola ad abbandonare i suoi piani. Noelle ringrazia Susie per averla salvata, dimostrando il desiderio di instaurare una relazione. Kris e Susie chiudono quindi la nuova Fontana Oscura, mentre Queen e i suoi seguaci si trasferiscono nel regno di Ralsei. Kris e Susie tornano nel mondo reale, dove convincono Noelle e Berdly che la loro avventura era un sogno. Susie si offre di accompagnare Kris a casa e viene invitata a entrare da Toriel. In bagno, Kris strappa di nuovo la loro ANIMA e si arrampica da una finestra. Una volta che Kris torna e sostituisce la loro ANIMA, Toriel scopre che le gomme del suo minivan sono state tagliate e suggerisce a Susie di dormire da loro. Si addormentano tutti in soggiorno, ma durante la notte Kris si sveglia e strappa di nuovo la loro ANIMA. Kris usa quindi il loro coltello per aprire una Fontana Oscura e un nuovo Mondo Oscuro inghiotte il soggiorno. Capitolo 2 - Un percorso alternativo di Cyber's World Dopo aver trovato Noelle, il giocatore può farle congelare magicamente tutti i nemici che incontra. Questo permette a Kris di essere più aggressiva durante i dialoghi, costringendola a risolvere gli enigmi da sola. Dopo aver eseguito una serie specifica di azioni e dopo aver iniziato una seconda battaglia con Berdly, il giocatore può molestare Noelle finché non usa un incantesimo sconosciuto che lo congela completamente. Invece di catturare il gruppo, Queen prende possesso del suo castello e lo conquista il pubblicitario Spamton. Noelle è troppo esausta per partecipare ai piani di Queen, e Ralsei la informa preventivamente del Ruggito. Kris va quindi a sigillare la Fontana, ma viene fermata dalla forma potenziata di Spamton, Spamton NEO, che intende tenerla aperta; Noelle alla fine arriva e lo congela. Nel mondo reale, Berdly viene trovato privo di sensi nel laboratorio informatico, e Noelle inizia a interrogarsi sulla natura del suo "incubo".Ralsei avverte Queen del "Ruggito" – il risveglio di "Titani" cataclismatici che si verificherà se troppe Fontane verranno create – costringendola ad abbandonare i suoi piani. Noelle ringrazia Susie per averla salvata, dimostrando il desiderio di instaurare una relazione. Kris e Susie chiudono quindi la nuova Fontana Oscura, mentre Queen e i suoi seguaci si trasferiscono nel regno di Ralsei. Kris e Susie tornano nel mondo reale, dove convincono Noelle e Berdly che la loro avventura è stata un sogno. Susie si offre di accompagnare Kris a casa e viene invitata a entrare da Toriel. In bagno, Kris strappa di nuovo la loro ANIMA e si arrampica da una finestra. Quando Kris torna e sostituisce la loro ANIMA, Toriel scopre che le gomme del suo minivan sono state tagliate e suggerisce a Susie di dormire da loro. Si addormentano tutte in soggiorno, ma durante la notte Kris si sveglia e strappa di nuovo la loro ANIMA. Kris usa quindi il loro coltello per aprire una Fontana Oscura e un nuovo Mondo Oscuro inghiotte il soggiorno. Capitolo 2 - Percorso alternativo di un mondo cibernetico Dopo aver trovato Noelle, il giocatore può farle congelare magicamente tutti i nemici che incontra. Questo permette a Kris di essere più aggressiva durante i dialoghi, costringendola a risolvere gli enigmi da sola. Dopo aver eseguito una serie specifica di azioni e dopo aver iniziato una seconda battaglia con Berdly, il giocatore può molestare Noelle finché non usa un incantesimo sconosciuto che lo congela completamente. Invece di Queen che cattura il gruppo, il suo castello viene preso dal pubblicitario Spamton. Noelle è troppo esausta per partecipare ai piani di Queen e Ralsei informa quest'ultima del Ruggito in anticipo. Kris va quindi a sigillare la Fontana, ma viene fermata dalla forma potenziata di Spamton, Spamton NEO, che intende tenerla aperta; Noelle alla fine arriva e lo congela. Nel mondo reale, Berdly viene trovato privo di sensi nel laboratorio informatico e Noelle inizia a chiedersi la natura del suo "incubo".Ralsei avverte Queen del "Ruggito" – il risveglio di "Titani" cataclismatici che si verificherà se troppe Fontane verranno create – costringendola ad abbandonare i suoi piani. Noelle ringrazia Susie per averla salvata, dimostrando il desiderio di instaurare una relazione. Kris e Susie chiudono quindi la nuova Fontana Oscura, mentre Queen e i suoi seguaci si trasferiscono nel regno di Ralsei. Kris e Susie tornano nel mondo reale, dove convincono Noelle e Berdly che la loro avventura è stata un sogno. Susie si offre di accompagnare Kris a casa e viene invitata a entrare da Toriel. In bagno, Kris strappa di nuovo la loro ANIMA e si arrampica da una finestra. Quando Kris torna e sostituisce la loro ANIMA, Toriel scopre che le gomme del suo minivan sono state tagliate e suggerisce a Susie di dormire da loro. Si addormentano tutte in soggiorno, ma durante la notte Kris si sveglia e strappa di nuovo la loro ANIMA. Kris usa quindi il loro coltello per aprire una Fontana Oscura e un nuovo Mondo Oscuro inghiotte il soggiorno. Capitolo 2 - Percorso alternativo di un mondo cibernetico Dopo aver trovato Noelle, il giocatore può farle congelare magicamente tutti i nemici che incontra. Questo permette a Kris di essere più aggressiva durante i dialoghi, costringendola a risolvere gli enigmi da sola. Dopo aver eseguito una serie specifica di azioni e dopo aver iniziato una seconda battaglia con Berdly, il giocatore può molestare Noelle finché non usa un incantesimo sconosciuto che lo congela completamente. Invece di Queen che cattura il gruppo, il suo castello viene preso dal pubblicitario Spamton. Noelle è troppo esausta per partecipare ai piani di Queen e Ralsei informa quest'ultima del Ruggito in anticipo. Kris va quindi a sigillare la Fontana, ma viene fermata dalla forma potenziata di Spamton, Spamton NEO, che intende tenerla aperta; Noelle alla fine arriva e lo congela. Nel mondo reale, Berdly viene trovato privo di sensi nel laboratorio informatico e Noelle inizia a chiedersi la natura del suo "incubo".Questo permette a Kris di essere più aggressiva durante i dialoghi, costringendola a risolvere gli enigmi da sola. Dopo aver eseguito una serie di azioni specifiche e aver iniziato una seconda battaglia con Berdly, il giocatore può tormentare Noelle finché non usa un incantesimo sconosciuto che lo congela completamente. Invece di essere catturata da Queen, il suo castello viene conquistato dall'inserzionista Spamton. Noelle è troppo esausta per partecipare ai piani di Queen, e Ralsei la informa preventivamente del Ruggito. Kris va quindi a sigillare la Fontana, ma viene fermata dalla forma potenziata di Spamton, Spamton NEO, che intende tenerla aperta; alla fine Noelle arriva e lo congela. Nel mondo reale, Berdly viene trovato privo di sensi nel laboratorio informatico, e Noelle inizia a interrogarsi sulla natura del suo "incubo".Questo permette a Kris di essere più aggressiva durante i dialoghi, costringendola a risolvere gli enigmi da sola. Dopo aver eseguito una serie di azioni specifiche e aver iniziato una seconda battaglia con Berdly, il giocatore può tormentare Noelle finché non usa un incantesimo sconosciuto che lo congela completamente. Invece di essere catturata da Queen, il suo castello viene conquistato dall'inserzionista Spamton. Noelle è troppo esausta per partecipare ai piani di Queen, e Ralsei la informa preventivamente del Ruggito. Kris va quindi a sigillare la Fontana, ma viene fermata dalla forma potenziata di Spamton, Spamton NEO, che intende tenerla aperta; alla fine Noelle arriva e lo congela. Nel mondo reale, Berdly viene trovato privo di sensi nel laboratorio informatico, e Noelle inizia a interrogarsi sulla natura del suo "incubo".
